TUTORIAL GDIS

GDIS (Graphical Display Interface for Structures) adalah program visualisasi ilmiah untuk manipulasi, display, dan analisis molekul terisolasi dan struktur periodik. Hal ini dalam pengembangan, tapi tetap cukup fungsional. Ini memiliki fitur berikut:

·                     Dukungan untuk banyak format file umum (CIF, PDB, XTL, XYZ, dan banyak lagi).

·                     Job pengajuan alat untuk paket kimia komputasi: GAMESS, Gulp, ReaxMD, dan SIESTA.

·                     Job analisis dan alat grafik untuk simulasi dinamika.

·                     Berguna manipulasi alat, termasuk matriks transformasi dan konstruksi supercell.

·                     Permukaan yang kuat dan alat generasi kristal morfologi.

·                     Pola difraksi generasi dan merencanakan.

·                     Animasi multi-frame file.

·                     Aneka alat untuk visualisasi (pengukuran, pita, layar polyhedral).

Berikut akan saya jelaskan beberapa langkah penggunaan aplikasi GDIS ini. disini saya akan menggunakan contoh sederhana yakni dengan membuat molekul air (H2O) dengan aplikasi ini. langkah-langkahnya adalah sebagai berikut.

Seperti biasa buka aplikasi GDIS, dimana tampilan awalnya akan seperti berikut :

Klik pada ikon new model untuk membuat model baru

Pada kolom model pilih model : editing

Pada bagian label ketik nama atom yang akan digunakan, kemudian klik pada bagian Addatoms dan klik pada jendela gambar, maka atom akan muncul. Pada penjelasan kali ini saya akan membuat molekul air sehingga saya akan membuat dua atom H dan sebuah atom O.

Berikutnya untuk membuat ikatan antar atom diatas, klik Add bonds dan klik salah satu atom dan tarik ke atom lainnya dan molekul air pun selesai kita buat…

Pada aplikasi ini disediakan beberapa jenis tampilan molekul, seperti pada aplikasi kimia lainnya dan untuk memilih tampilan yang diinginkan dapat kita lihat dengan memilihDisplay pada bagian model seperti pada gambar berikut ini.

Klik sesuai dengan keinginan mka secara otomatis bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai pilihan anda.

Menggunakan Tool Measurements

Dengan aplikasi GDIS kita dapat melakukan berbagai pengukuran seperti ikatan, jarak antar atom, serta sudut ikatan dari molekul yang kita buat. Caranya adalah klik ikonmeasurements.

Klik pada tab search kemudian pilih parameter apa yang hendak kita ukur (Bonds, Distances, Intermolecular, Bond Angles, atau Angles) kemudian klik search. Maka padalabel list akan muncul nilai nilai dari pengukuran.

Tool Animation

Dengan tool animation ini kita dapat merekam aktifitas kita dalam melakukan pengamatan ataupun membuat suatu molekul bahkan kita juga bisa menyimpannya dalam bentuk gambar dengan format .gif ataupun video. Untuk menggunakannya klik ikon Animation 

Klik pada tab rendering, beri centang pada bagian make movie, pilih jenis file keluaran dan isikan nama filenya kemudian close, maka kegiatan anda pada jendela gambar akan terekam.

Selanjutnya untuk memutar kembali hasil kegiatan anda, klik kembali ikon Animation lalu pada bagian bawah klik play dan kegiatan anda kan diputar..  

sumber:

https://dwianitasari4ict.wordpress.com/2012/12/28/gdis-graphical-display-interface-for-structures/

TUTORIAL JMOL

Jmol merupakan 3D viewer for chemical structures yang berbasis java. Aplikasi ini gratis lho….. selain gratis aplikasi ini kompetabel dengan os windows, mac OS X dan linux/unix.

Aplikasi ini bisa di download disitus resminya> http://jmol.sourceforge.net/download/. Untuk aplikasi jmol ini tidak membutukkan persyaratan komputer yang neko-neko, yang penting komputer yang digunakan suport dengan java 1.4 keatas. Tutorial instalasi untuk masing-masing sistem operasinya bisa di lihat disitusnya.

Setelah diinstal di komputer, saatnya menggunakan aplikasi ini. Penggunaan utama aplikisi ini kan untuk melihat suatu senyawa secara tiga dimensi tetapi selain itu kita juga bisa menggambar dengan menggunakan jmol ini. Untuk melihat suatu senyawa, data base nya bisa di download di PupChem. Senyawa yang kita butuhkan bisa di peroleh dengan mudah dan gratis. Di PupChem tersebut hanya tinggal ketik nama senyawa dan di download file dengan tipe .sdf yang 3D-nya ya.

Gambar di bawah ini adalah contohnya

Jmol yang digunakan dalam sistem operasi linux (PCLinuxOS). Kalau untuk menggambar senyawa sesuai dengan keinginan yang pertama kali ada lah membuka jmol dengan tampilan polos.

Lalu pada menu tool bar nya klik pada gambar ikon “Open the model kit“

Setelah di klik muncul seperti ini deh.

Nah langsung muncul senyawa CH4. Untuk merubah senyawa ini dapat klik kanan di sembarang tempat di layar yang berwarna hitam lalu pilih ikon yang bergambar senyawa dan pilih jenis senyawanya. Digambar saya memilih senyawa CH3NO2

Nah jadi deh senyawa CH3NO2-nya. Software ini sangat berguna jika kita mempelajari tentang suatu senyawa atau kita juga dapat menggukanan aplikasi ini untuk proses belajar mengajar.

Untuk menu didalam sebenarnya masih banyak dan Jmol dapat menggunakan suatu script. Untuk keperluan yang sederhana seperti diatas, kemampuan mengolah data sebatas menggambar itu sudah cukup untuk mengoperasikan aplikasi ini. Untuk hal yang lebih rumit kemampuan dalam bahasa pemrograman juga di butuhkan.

Terima kasih dan selamat mencoba :)

Sumber :

http://jmol.sourceforge.net/

http://wiki.jmol.org/index.php/Main_Page

TUTORIAL GNOME CRYSTAL

Cara Menggunakan Aplikasi Gnome Crystal

Apa itu Gnome Crystal? Aplikasi Gnome Crystal adalah aplikasi membuat sturktur atom dengan 3D.

Inilah tampilan awal Gnome

Pertama-tama klik Crystall lalu pilih Bonds and Lines, di situ ada beberapa pilihan antara lain Cell edges radius, Diagonals radius dan Medians radius semuanya dalam bentuk pm

Cell edges radius = jika kita centang dan mengetik angka, maka akan di hasilkan kerangka 3D

Diagonals radius = jika kita mencentang juga dan mengetik angka, maka akan dihasilkan kerangka dalam bersilang.

Medians radius = jika kita mencentang dan mengetik angka, maka akan dihasilkan kerangka lurus dalam.

Perhatikan gambar berikut.

Langkahnya, klik Cell edges radius dan ketik angka 7

lanjut…..ke gambar ke-2

kalau gambar di atas, pilih dan klik Cell edges radius dan ketik angka 4

the last….gambar ke-3

kalau yang ini pilih dan klik Cell edges radius dan ketik angka 1

Diagonals radius klik dan pilih angka 1

Medians radius klik dan pilih angka 1 juga.

TUTORIAL CHEMIX

Menggunakan Aplikasi Chemix

Fitur yang disediakan antara lain

ü  Tabel sistem periodik beserta keterangan detail tiap unsur.

ü  Bisa menentukan senyawa berdasarkan spektroskopi senyawa tersebut.

ü  Kamus khusus kimia

ü  kalkulator

ü  unit konversi panjang, berat, tekanan, daya, temperatur, dsb.

ü  Menghitung persamaan gas gay lussac.

ü  Menampilkan 3d dari molekul.

ü  Menghitung dan menggambar kurva persamaan diagram fasa 3 maupun 2 fasa / lebih. Cocok untuk mata kuliah kimia fisika.

ü  Menghitung persamaan kurva serta menggambar kurvanya.

ü  Menghitung asam basa serta pkw, pka, ph, poh dan pkb.

ü  Menampilkan kelarutan tiap senyawa/ solubility chart.

ü  Menghitung kelarutan.

ü  Elektrokimia.

ü  Kalkulator molekul

ü  Termokimia.

ü  Menghitung stoikiometri senyawa.

Screenshotnya

Tutorial penggunaan chemix adalah sebagai berikut :

Menambahkan & Menyeret

Untuk menambahkan aparat, pilih item dari toolbar atas . Untuk mengubah kategori, klik pada tombol berlabel kecil di setiap sisi toolbar. Saat ini, ada 5 kategori dengan 8 item per setiap. Setelah menambahkan item, muncul di ruang kerja. Untuk tarik ke tempat yang tepat, cukup klik dengan mouse kiri, drag dan kemudian lepaskan. Anda hanya dapat menarik satu item pada suatu waktu, multiselection tidak didukung.

Menggunakan Editor

Untuk memutar atau mengubah gaya item, tarik ke alun-alun berlabel ’sensor’ sampai lampu merah pergi hijau. Tekan panah untuk memutar item, tekan tombol bintang untuk mengubah gaya. Tidak semua item mendukung perubahan gaya.

Menghapus

Untuk menghapus item, menyeret mereka sampah. Untuk menghapus beberapa item, Anda dapat menarik bin (dengan mengklik bar bagian atas di atas tempat sampah) atas barang-barang Anda. Setiap barang yang bersimpangan dengan sampah, akan dihapus.

Memunculkan tabel

Untuk menghentikan pengaturan aparat dari ’melayang’ di udara, klik tombol kiri bawah untuk menampilkan tabel. Klik lagi untuk menyembunyikannya.

Finishing

Sayangnya Chemix tidak memungkinkan Anda untuk menyimpan atau mengekspor pekerjaan Anda menjadi sebuah gambar, namun Anda hanya dapat mengambil screenshot, menghapus semua toolbar dan item UI dalam program cat dan kemudian paste gambar yang dihasilkan di tempat yang diinginkan. Chemix memiliki banyak sekali fitur.

Dalam mata pelajaran ikatan kimia chemix banyak memberi kemudahan antara lain untuk mengetahui jari-jari kovalen suatu senyawa, untuk mengetahui besarnya keelektronegatifan suatu unsur sehingga memudahkan untuk mengetahui kepolaran suatu senyawa kovalen berdasarkan perbedaan harga keelektonegatifannya. Serta berguna juga untuk mengetahui struktur kristal atom.

Periodic Table

Periodic table - graphics

Periodic table - properties

TUTORIAL EASYCHEM

 Menggunakan Aplikasi Easychem

Easychem chemical structure editor adalah aplikasi untuk menggambar struktur 2D ikatan kimia. Instalasi bisa langsung lewat Ubuntu Software Center. Aplikasi ini sangat mudah digunakan, disediakan fungsi Help untuk format penulisan senyawa-senyawa kimia dari yang sederhana hingga yang kompleks. Dari ikatan tunggal, ikatan rangkap, hingga ikatan siklo bisa digambar dengan mudah menggunakan aplikasi ini.

Bagi para ilmuwan, atau pekerja laboratorium, mahasiswa, pelajar, ataupun pengajar sains saya sarankan menggunakan aplikasi ini. Bisa diekspor dalam format PDF, sehingga bisa disalin di dokumen yang lain.

TUTORIAL CHEM-SKETCH

Menggunakan Aplikasi ChemSketch

Penggambaran struktur molekul menurut Lewis (aka struktur Lewis) merupakan gambaran yang masuk akal yang bisa diterima selama ini. Visualisasinya biasanya menggunakan dot atau tanda x atau yang lain, juga boleh menggunakan variasi warna. Tujuan penggambaran ini hanyalah untuk memudahkan siapa saja yang ingin memahami struktur atom atau molekul.

Jika ingin mengambarkan struktur Lewis secara manual tidaklah sulit. Namun pada saat menuliskan/menggambar dengan program olah kata itu akan menyulitkan. Oleh karena itu akan lebih mudah kalau menggunakan perangkat lunak pendukung yang khusus. Misalnya dengan menggunakan Chemsketch.

Penggunaan ChemSketch untuk menggambar struktur Lewis sangat mudah. Di situ sudah tersedia beberapa model dan kita bisa menambahkannya sendiri sehingga pada saat diperlukan kita tinggal klik saja.

Cara menggambar struktur Lewis:

1.      Buka ChemSketch: Klik Start-> Program -> ACDLabs 12 -> ChemSketch

2.      Klik F5 atau klik menu Template -> Template Windows

3.      Pilih model struktur Lewis yang sesuai dengan meng-klik-nya dan kemudian klik pada area kerja ChemSketch. Misalnya saya pilih struktur Lewis dari CH4.

4.      Pindahkan dari mode Structure ke mode Draw agar struktur Lewis tadi bisa dikopi

5.      Klik struktur Lewis tadi kemudian kopi dengan Tombol Ctrl + C atau klik Edit -> Copy

6.      Buka pengolah kata yang biasa anda pakai.

7.      Letakkan (paste/rekat) pada posisi di mana anda akan meletakkan struktur Lewis kemudian Ctrl+V atau klik menu Edit -> Paste pada pengolah kata tadi.

8.      Lakukan hal yang sama untuk struktur Lewis lainnya.

Bagaimana kalau kita ingin menambah model Lewis yang tidak tersedia di Template-nya ChemSketch?
Berkas (file) untuk template ini sebenarnya terletak pada c:\program files\acdfree12\template\. Kita bisa memodifikasi dan membuat sendiri template yang belum tersedia. Untuk menambah atau memodifikasi template yang ada.

1.      Buat model struktur lewis secara manual pada mode Draw. Gunakan atau aktifkan Tool Edit Texts yang berada tepat di bawah tulisan Draw. Mulailah menggambar struktur Lewis satu persatu dan dengan menggunakan beberapa template yang tersedia (seperti dot dll). Setelah selesai menggambar itu lakukan grouping dengan klik menu Object dan pilih Group. Jangan lupa sebelumnya seleksi semua gambar tadi. Untuk mengkopi bagian tertentu praktis (tekan tombol Ctrl sambil men-drag apa yg akan dikopi kemudian meletakkan di sisi lain.

2.      Setelah selesai pada menu Templates klik Save User Template…

3.      Isikan nama template dan tempat penyimpanan template yang anda buat pada folder tertentu.

4.      Template siap digunakan dan secara otomatis ada dalam jendela template windows.