TUTORIAL RASMOL

              RasMol adalah program grafis molekuler ditujukan untuk visualisasi protein, asam nukleat dan molekul kecil. Program ini bertujuan untuk display, mengajar dan generasi gambar berkualitas publikasi. RasMol bekerja pada berbagai arsitektur dan sistem operasional termasuk SGI, sun4, sun3, sun386i, Desember, H dan E & S workstation, December Alpha  (OSF/1, Open VMS dan Windows NT), IBM RS/6000, Cray, Sekuen, VAX VMS (Dibawah jendela December), IBM PC( dibawah Microfoft Windows, Windows NT, OS/2, Linux, dan BSD386 BSD), Apple Macintosh dan PowerMac). Versi UNIX dn VMS memerlukan 8bit, 24bit atau 32bit frame buffer X Windows (X11R4 atau dibawahnya)

                Program pembaca molekul dalam file koordinasi dan interaktif menampilkan molekul layar dalam berbagai keterangan dan skema warna. Format file masukan termasuk Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos Associates Alchemy dan format Sybyl Mol2(MDL) Mol format file Molekul Desain Limited, Minnesota Supercomputer Centre (MSC) XYZ (Xmol) Formaat CHARMm. Jika informasi konektivitas tidak terdapat dalam file maka akan dihitung secara otomatis

               Molekul dapat ditampilkan sebagai gambar rangka obligasi, obligasi silinder tongkat 'Dreiding', alpha-karbon jejak, ruang-mengisi (CPK) bola, pita makromolekul (baik halus pita berbayang padat atau untaian sejajar), ikatan hidrogen dan representasi permukaan dot. Bagian yang berbeda dari molekul dapat diwakili dan diwarnai secara independen dari sisa molekul atau ditampilkan dalam beberapa representasi secara bersamaan. Molekul yang ditampilkan dapat diputar, diterjemahkan, diperbesar dan z-dipotong (Slabbed) interaktif baik menggunakan mouse, scroll bar, baris perintah ataupun kotak sambung terpasang. RasMol dapat membaca daftar siap perintah dari file 'script' (atau melalui komunikasi antar-proses) untuk memungkinkan gambar tertentu atau sudut pandang yang akan dipulihkan dengan cepat. RasMol juga dapat membuat file script yang berisi perintah yang diperlukan untuk menumbuhkan citra saat ini. Akhirnya, gambar yang diberikan dapat ditulis dalam berbagai format termasuk raster ataupun vektor PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile atau sebagai masukan skrip MolScript atau Kinemage.

Jendela RasMol 

        Pada semua platform RasMol menampilkan dua jendela, grafis utama atau kanvas jendela dengan latar belakang hitam dan jendela command line atau terminal. Di bagian atas jendela grafis (atau di bagian atas layar untuk Macintosh) adalah menu bar RasMol. Isi perubahan menu bar dari platform ke platform untuk mendukung pedoman antarmuka pengguna lokal, namun semua platform mendukung menu 'File', 'Tampilan', 'Warna', 'Ekspor' dan  'Options' pull-down. 

         Jendela grafis Utama juga memiliki dua bar gulir, satu di sebelah kanan dan satu di bagian bawah, yang dapat digunakan untuk memutar molekul interaktif. Perintah 'Help' tersedia dalam jendela command line asalkan file 'rasmol.hlp' berada dalam folder yang sama dengan aplikasi itu sendiri, tapi ini mungkin relatif rumit untuk digunakan. 

        Sementara pointer mouse berada dalam area grafis dari jendela layar utama, pointer mouse digambarkan sebagai kursor cross-hair, untuk mengambil objek yang ditampilkan; jika pointer mouse dalam bentuk  panah. Setiap karakter yang diketik di keyboard ketika jendela tampilan sedang 'fokus' (yang berarti seddang aktif atau latar depan) yang diteruskan ke command line di jendela terminal. Oleh karena itu Anda tidak perlu terus-menerus untuk beralih fokus antara command line dan jendela grafis.

Kontrol mouse

Berikut adalah ringkasan mouse klik-dan-drag kontrol RasMol. 

Tindakan	Jendela	Macintosh
Putar X, Y	Kiri	Dimodifikasi
Menerjemahkan X, Y	Benar	Perintah *
Putar Z	Shift-kanan	Shift-Command *
Zoom	Shift-Kiri	Perubahan
Slab Pesawat	Ctrl-Kiri	Ctrl

* Pada beberapa Mac, Option (Alt) tombol memiliki efek yang sama pada RasMol sebagai kunci Command.

Menggunakan Jendela Command Line

        Selain jendela hitam, RasMol memiliki jendela kedua yang disebut Window Command-Line yang berwarna putih. 

• Jika Anda bekerja di unix atau Macintosh, mungkin berada di balik jendela hitam. 
• Jika Anda bekerja pada Windows, jendela putih mulai keluar diminimalkan dengan ikon di bagian bawah layar.
• Jika Anda tidak melihatnya, Anda dapat mencarinya pada taskbar Win95 / NT. Akan ada dua item pada taskbar, satu berlabel "RasMol versi 2.6" dan yang lain, "RasMol Command Line". Klik pada item kedua untuk membuka putih jendela command line. 

Hanya memiliki ikon 3-bola.(Jika Anda menggunakan Windows 3.1, tahan tombol Alt sambil menekan tombol Tab berulang kali. Ketika muncul banner mengatakan "RasMol Command Line", lepaskan kedua tombol dan jendela putih akan terbuka.)

Atur atau ubah ukuran jendela hitam dan putih sehingga Anda bisa melihat kedua jendela sekaligus. Sekarang, klik pada atom, dan RasMol akan mengidentifikasinya di jendela putih. Sebagai contoh, jika Anda klik pada atom paling atas di tampilan awal dari 1D66.PDB, RasMol akan menuliskan

Atom: NZ 1446 Grup: LYS 33 Rantai: B

Huruf pertama, N, mengidentifikasi atom nitrogen. Huruf kedua, Z, menunjukkan bahwa N berada di zeta (6) posisi dari karbon alpha, CA. Atom ini adalah nomor 1446 dalam total 1.707 dalam struktur ini. Atom N ini merupakan bagian dari asam amino lisin, yang merupakan residu nomor 33 dalam rantai B.

Jendela baris perintah juga dapat menerima perintah yang Anda ketik. Sebagai contoh, ketik warna hijau dan tekan Enter / Return. Molekul akan berubah menjadi hijau. Ini adalah contoh sepele, tapi RasMol memiliki bahasa perintah yang luas dan kuat yang jauh melampaui apa yang dapat Anda lakukan dengan menu pull-down

Bagaimana cara mengetahui apa yang ada makromolekul?

Untuk protein atau DNA, setelah Anda pertama kali membuka molekulnya, gunakan menu Display untuk memilih Backbone, dan kemudian menu Warna untuk memilih Rantai. Sekarang Anda dapat melihat berapa banyak rantai asam amino atau nukleotida yang hadir, karena masing-masing memiliki warna yang berbeda.

Untuk mengetahui senyawa selain protein dan DNA hadir, ketik perintah select not (protein or DNA)  termasuk dengan tanda kurung lalu tekan Enter / Return. Untuk 1D66, terdapat 55 atom yang dipilih; sedangkan untuk 1CRN, tidak ada. 

Jika beberapa atom yang dipilih, gunakan menu Display untuk memilih Spacefill untuk menunjukkan hanya atom yang dipilih. Biasanya sebagian besar dari mereka adalah oksigen dari molekul air. (Hidrogen tidak diselesaikan dengan metode yang paling sering digunakan untuk struktur protein, kristalografi sinar-X.)

Untuk mengetahui apakah masih ada senyawa lain  selain protein, DNA, atau air, ketik perintah restric not water. Jika masih tetap ada tetap, klik pada gambarnya untuk mengetahui apa itu. Dalam kasus 1D66, 4 ion kadmium tetap terdeteksi. 

Sumber :

http://www.umass.edu/microbio/rasmol/rasquick.htm

http://www.umass.edu/microbio/rasmol/distrib/rasman.htm