Avogadro
adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform
sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara
fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu
material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan
pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah
GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya
sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa
dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang
dapat dilakukan Avogadro?
- Dapat melakukan pengunduhan
secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem
(database dari molekul kimia dan aktivitasnya
terhadap uji biologis)
- Inovatif “auto-optimation”,
alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama
optimasi mekanika molekular.
- Antarmuka untuk banyak paket
komputasi umum.
- Plugin yang memungkinkan
Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
- Embedded interpreter Python.
- Terjemahan tersedia dalam 19
bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia,
tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
- Cross-Platform: Molekul
pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
- Intuitif: Dibangun untuk dapat
digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
- Cepat: Mendukung multi-threaded
rendering dan komputasi.
- Extensible: Plugin arsitektur
bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip
Python.
- Fleksibel:
Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain,
input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
(http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )
Nah sekarang
saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.
Pertama
adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.
Jika
Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background
tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warnayang
Anda kehendaki
Hasilnya :
Untuk memulai membuat bentuk molekul,
cara yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti
di bawah ini.
Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan
tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar
C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order
adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust
Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.
Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui
sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik
Start.
Hasilnya adalah:
Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu
tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom,. Caranya hanya
check pada label yang ada di Display types
Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”
Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:
Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia
dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang
untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul,
bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang
tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber
sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan
kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang
bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.
Apa yang
dapat dilakukan Avogadro?
- Dapat
melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya
terhadap uji biologis)
- Inovatif
“auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan
memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
- Antarmuka
untuk banyak paket komputasi umum.
- Plugin
yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
- Embedded
interpreter Python.
- Terjemahan
tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa
berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum
dialihbahasakan.
- Cross-Platform:
Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
- Intuitif:
Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti
lebioh lanjut.
- Cepat:
Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
- Extensible:
Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif,
perintah, dan skrip Python.
- Fleksibel:
Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain,
input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul.
Software ini adalah hasil proyek komunitas dengan
banyak kontributor, makanya disebut open source, siapapun boleh memberikan
umpan balik, melaporkan bug dan kode agar menjadi lebih baik.
Karena ukurannya yang sangat kecil dan tidak terlalu
memerlukan hardware dengan spek yang tinggi dan mahal maka sangat cocok
digunakan saat pelajaran kimia pada materi-materi tertentu, dapat digunakan
secara langsung di kelas. Tentu kita harus memahami berbagai seluk-beluknya.
Ini adalah alternatif pembelajaran yang mengajak siswa mengamati secara
langsung proses dan sifat kimia suatu zat.
0 komentar:
Posting Komentar